В нумизматике есть такое понятие как "нечастые" монеты и 1 рубль 1999 года как раз относится к ним. Так как монеты встречаются реже, то и цена повыше чем у остальных. Однако главный показатель, который влияет на ценность - это сохранность, так например 1 рубль 1999 года в UNC (Классификация состояния монет G, VG, F, VF, XF, UNC с примерами.) состоянии можно продать на аукциона за 1000-1500 рублей. Но в основном попадаются монеты с качеством, которое оценивается в 30-50 рублей.
Не забывайте, что на стоимость влияет и наличие брака на монете - браки монет с примерами и стоимостью